Alam secara alami menyediakan pakan lele. Pada kondisi pemeliharaan biasa keberadaan pakan alami itu sudah cukup. Namun pada budidaya intensif dengan padat tebar tinggi serta waktu budidaya singkat, perlu volume pakan yang mencukupi kebutuhan populasi lele yang dipelihara.
Volume pakan itu dapat diperoleh dari pakan pabrik. Pakan pabrik sudah dirancang dalam penyusunan formulasi sehingga ikan akan memperoleh keseimbangan energi yang berasal protein dan lemak.
Keseimbangan energi itu sulit dicapai bila mengandalkan pakan alami. Sebagai gambaran, protein dan energi perlu seimbang karena mempengaruhi rasio pertumbuhan ikan. Beberapa peternak sering mengombinasikan pemberian pakan alami dan pakan pabrik, tapi perlakuan itu membuat kecukupan nutrisi sulit terjaga dan berefek pada pertumbuhan lele yang tidak sempurna seperti kepala lele menjadi besar, tapi bertubuh kecil. Produksi lele tersebut tidak diminati pasar.
Pakan alami tetap merupakan pakan terbaik untuk fase pertumbuhan tertentu. Itu karena pakan alami memiliki kandungan nutrisi yang tidak bisa diganti oleh pakan pabrik. Contoh Daphnia sp. Zooplankton itu merupakan pakan alami terbaik pada fase larva. Selain ukuran daphnia sesuai dengan bukaan mulut larva, kadar protein daphnia juga tinggi, mencapai 42-54% dengan 6,5-8% lemak.
Peternak dapat melakukan budidaya aneka pakan alami seperti cacing sutra (tubifex), cacing lumbricus, ulat hongkong, kroto, tetraselmis, chlorella, spirulina, artemia, infusoria, kutu air, dan jentik nyamuk. Namun, kendala pada pakan alami adalah kontinuitas dan tingkat produksi yang berfluktuatif.
Sebab itu, pakan pabrik selalu menjadi pilihan karena memiliki kelebihan seperti komposisi gizi lengkap sesuai kebutuhan, mudah diperoleh, praktis, dan lebih aman terkait penyakit. Dari riset terlihat pemakaian pakan pabrik mampu menaikkan bobot biomassa ikan hingga 4 kali lipat. Harga pakan pabrik relatif mahal karena bahan penyusun utama seperti tepung ikan bernilai tinggi.
Tepung ikan memang sumber protein paling baik karena mempunyai banyak asam amino esensial penting bagi ikan seperti lisin dan metionin. Keduanya berperan pada pertumbuhan dan perkembangan ikan. Tepung ikan berkualitas mengandung 60-80% protein dengan 80-95% dapat dicerna oleh ikan.